Stabilní půdní ekosystém má určité strukturální vlastnosti: (1) Vertikální struktura. Obecně se skládá ze tří úrovní: první vrstva je biologická vrstva kolonie, která je hlavním místem pro rostliny k provádění fotosyntézy a výška obsazeného prostoru se liší podle druhů rostlin; druhou vrstvou je biologická pozemní vrstva, včetně biologické kolonie na zemi a půdní vrstvy dosažené kořeny rostlin, kde jsou půdní zvířata a půdní mikroorganismy bohaté, akumulace, rozklad, transformace biologických materiálů, vylučování a srážení minerálních prvků a aktivní místo pro evapotranspiraci vody; třetí vrstvou je půdní dno a horniny Zvětralá vrstva má málo biologických organismů a je základem pro doplnění půdních minerálních živin a vody. (2) Vodorovná struktura. Obecně existují tři vzorce: rovnoměrné rozložení, rozložení biologických populací je rovnoměrné, z nichž každý zabírá určitou oblast ve dvourozměrném prostoru; seskupené rozložení, biologické populace jsou distribuovány ve skupinách přerušovaně ve vesmíru; náhodné rozšíření, většina organismů v půdním ekosystému Distribuce druhů je náhodná.
