Samočistící systém označuje systém, který má určitý stupeň samočištění a absorpční kapacitu pro látky znečišťující životní prostředí. Jde o agroekologický komplex, ve kterém dochází k samočištění látek znečišťujících životní prostředí za předpokladu nepřekročení kapacity prostředí fyzikálními, chemickými a biologickými účinky zemědělské půdy, rostlin a mikroorganismů.
