Vysoce výkonná kapalinová chromatografie (HPLC)

Ačkoli dvourozměrná gelová elektroforéza (2-DE) je běžně používanou metodou pro analýzu celého proteomu, má omezení, jako je omezená separační schopnost, diskriminační účinek a složité operační postupy. Často je obtížné dosáhnout uspokojivých výsledků pro analýzu velkého dynamického rozsahu, nízké hojnosti a hydrofobních bílkovin. Chong et al. použil HPLC/hmotnostní spektrometrii k porovnání a analýze diferenciální exprese pre-maligních a rakovinných proteinů. Protein byl oddělen HPLC a shromážděné frakce byly identifikovány MALDI-TOF-MS, takže protein byl kvantitativně analyzován v diferenciální expresi obou druhů buněk. Jako nový typ separační technologie nemá multidimenzionální kapalinová chromatografie omezení relativní molekulové hmotnosti a izoelektrického bodu. Kombinací různých režimů eliminuje diskriminační účinek dvourozměrné gelové elektroforézy. Má vlastnosti vysoké špičkové kapacity a snadné automatizace. Dvourozměrná iontová chromatografie s reverzní fází (2D-IEC-RPLC) je nejčastěji používaný multidimenzionální systém separace kapalné chromatografie ve výzkumu proteomiky.